מאחר ולא קיימים תרופה או חיסון ייעודי כנגד קדחת נילוס המאיימת באחרונה על האזור, האפשרות היחידה למניעת המחלה הינה הפחתת אוכלוסיית היתושים באזור, והתגוננות כנגד היתוש המעביר את המחלה לבני האדם ולבעלי חיים אחרים.
עיריית רחובות ממליצה למנוע את היווצרות התנאים הנוחים עבורם. יש לבצע פעולות דומות של טיפול במקורות מים עומדים גם בשטחים הפרטיים ובחצרות הבתים המשותפים: למנוע דליפה בברזים היוצרים שלוליות, להימנע מהשקיית יתר בגינות פרטיות, לרוקן ברכות נוי לא מטופלות, דליים וכלי קיבול אחרים, בהם הצטברו מים עומדים, גגות ואזורי ניקוז פתוחים של מזגנים וכדומה, יש לנקוט באמצעי הגנה בבתים כגון התקנת רשתות כנגד חדירת יתושים ושמירת הדלתות סגורות, יש להשתמש בכילות ובתכשירים סביבתיים ואישיים דוחי יתושים כגון משחות, ספריי ונוזלים למריחה מאושרים לשימוש בבני אדם.
ד"ר אבי צרפתי, הווטרינר העירוני ומנהל השירות הווטרינרי: "בטוחני כי בשילוב של נקיטת גורמי מניעה הן בשטחים הפתוחים והציבוריים ברחבי העיר על ידי גורמי העיריה והן בשטחים הפרטיים על ידי התושבים והתושבות, נוכל לצמצם את התופעה ולהימנע מתחלואה ואי נעימות ברחובות". נריה אהרון, מנהל מחלקת הדברה באגף שפ"ע: "ההתמודדות מול היתוש היא ברובה מניעתית. טיפול או ריסוס נקודתי לא יפתרו את הבעיה אם בקרבת מקום ישנו מוקד דגירה, ולכן שיתוף פעולה של התושבים הוא חשוב ביותר על מנת לצלוח את 'עונת היתושים'. אנו קוראים לתושבים לגלות ערנות למקורות מים עומדים ולטפל בהם. באם נתקלתם במקור כזה בשטח ציבורי, אנא דווחו למוקד".
