לטענת הארגונים הירוקים, ההסכם נחתם במחשכים. עוד נטען כי קצא"א, שהיא חברה ממשלתית, חתמה על ההסכם שהוא בעל משמעיות סביבתיות וחברתיות מרחיקות לכת, ויש לו סכנות ממשיות על ערכי הטבע הייחודיים שבמפרץ אילת, ללא מעורבות משרדי הממשלה הרלוונטיים, ללא הליך תקין, ובניגוד לעמדות המומחים, הן מטעם המדינה והן באקדמיה. העתירה הוגשה נגד הממשלה, משרד האוצר, משרד האנרגיה, המשרד להגנת הסביבה, קצא"א וגורמים נוספים. 
בעתירה נכתב שלצד הנזק האקולוגי לשוניות האלמוגים, שעשוי להיות בלתי הפיך, יש להוסיף את הפגיעה האנושה בתיירות באילת, בכלכלת העיר, וברווחת התושבים ואת הסכנה כי אילת תהפוך מעיר תיירותית, כלכלית ומפותחת, לעיירת תיירות נטושה, ענייה, מוכת אבטלה ועם תחלואה עולה. "די בדליפה בודדת, של 1% בלבד, מנפח מיכלית אחת, כדי לגרום לנזק בלתי הפיך", נכתב בעתירה לבג"ץ. קצא"א, הייתה מעורבת בשנים האחרונות בשני מקרים חמורים של דליפות נפט, שגרמו לנזק אקולוגי משמעותי – בנחל צין ובעברונה. בעבר אירעו מספר דליפות נפט חמורות, שנגרמו ממתקני קצא"א – שונית האלמוגים של אילת כמעט נכחדה בשנות ה-70' של המאה הקודמת.
לטענת הארגונים ההסכם דורש אישור של הממשלה. שלושת הארגונים מציינים בעתירה, כי "מפרץ אילת, הוא אחד מאתרי הטבע הייחודיים והרגישים ביותר בישראל, וזהו המקום היחיד בישראל, שבו מתקיימות שוניות אלמוגים בעלות עושר ביולוגי ומגוון מינים, שאין שני לו במדינה. בנוסף, השונית בעלת חשיבות אקולוגית עולמית, לאור תופעת הלבנת האלמוגים והיעלמותם ברחבי העולם, הנגרמת משינויי אקלים והתחממות מי הים. שונית האלמוגים במפרץ אילת, לעומת זאת, מפגינה עמידות רבה יחסית לתופעה זו, ולכן ההגנה עליה, היא בעלת חשיבות גלובלית ולא מקומית".
מקצא״א נמסר בתגובה ל-YENT: "ההסכם, שפעילותו כבר החלה, מחזק את הכלכלה הישראלית ואת מעמדה הבין לאומי ומבטיח עצמאות וביטחון אנרגטי לישראל, תוך שמירה קפדנית ורציפה על הסביבה. במסגרת ההסכם, שהוא חלק ממהלך העסקים הרגיל של החברה, אין כל חידוש או שינוי בפעילות המתוכננת של החברה אל מול פעילותה השוטפת. מדובר בפעילות שגרתית, כפי שמבוצעת כבר עשרות שנים".
עוד נמסר כי "קצא"א מחויבת לערכים של הגנת הסביבה ולשמירה על האזור שבו היא פועלת והיא משקיעה בכך משאבים ואמצעים רבים. בזכות פעילותה, השתמרה והתפתחה שונית האלמוגים במפרץ במשך למעלה מ-50 שנה, במקביל לעבודה התפעולית, וזאת הודות לנהלי הבטיחות המחמירים ביותר. קצא"א מצוידת בציוד החדיש ביותר בתחום, עומדת בתקנים בינלאומיים ומבצעת תרגולים והיערכויות באופן תדיר. החברה מחויבת לשמירה על בטיחות וביטחון תושבי האזור, הגנה על ערכי הטבע, הים ואיכות הסביבה. אנו גאים ונרגשים מחתימת ההסכם ההיסטורי שנחתם במעמד שר האוצר האמריקני, והוא המשך ישיר להסכמי אברהם. קצא"א היא שער האנרגיה של מדינת ישראל ולפעילותה חשיבות אסטרטגית למשק האנרגיה ולתפקודו."